Od XIII. stoljeća broj se benediktinskih obitelji smanjivao tako da je od desetaka tisuća starih samostana samo oko tisuću i pet stotina opatija preživjelo srednji vijek. Mnoge su od ovih stupile u novi vijek sigurnim korakom, dapače su se neke među njima ojačale. U nekim se krajevima razdoblje od druge polovice XVI. stoljeća do XVIII. stoljeća ubraja kao jedan od značajnijih perioda benediktinske povijesti.
Za to doba posebno treba istaknuti napore benediktinaca na znanstvenom polju i u građevnoj umjetnosti. Među ondašnjim organizacijama na prvom se mjestu nalazila francuska kongregacija Sv. Maura, koja se po svem kulturnom svijetu pročula solidnim obrazovanjem, planskim znanstvenim radom i vrlo značajnim književnim djelima.
U novom vijeku napadale su benediktince tako teške i mnogobrojne nedaće da su na koncu bili gotovo izbrisani s lica zemlje. Kao sudbonosnije neprilike spominjemo: pojačani režim komenda, protestantsku reformaciju sa seljačkim pobunama i vjerskim ratovima, jansenizam, jozefinizam i francusku revoluciju. Posljedica je svega ovoga bila, da je Napoleona preživjelo vrlo malo opatija, i to napola praznih. Napokon, u prvoj polovici XIX. stoljeća i te ostatke ostataka napadoše velike sekularizacije, zapljene posjeda i nesnošljivi uvjeti u svim europskim državama, tako te je u nekih tridesetak cenobija životarilo nepunih pet stotina monaha.
Građevine pak dokinutih i najvećega broja još postojećih samostana bile su pretvorene redom u muzeje, biblioteke, škole, upravne ili stambene zgrade, kazališta, vojničke ustanove, svratišta, tvornice, kaznionice, a nešto malo u sjemeništa i biskupske dvorove. Ostaci nekoliko znamenitijih opatija bili su, štoviše, adaptirani za skladišta i konjušnice. Nekima su i temelji iz zemlje bili iskopani, tako da se više i ne zna gdje su se dizale.
Međutim, u drugoj četvrti XIX. stoljeća stadoše se ponovno obnavljati benediktinci, najprije u Bavarskoj i Francuskoj pa onda po Pruskoj i dalje po Evropi, u objema Amerikama i na ostalim kontinentima.
Danas su muški benediktinski samostani uglavnom u kongregacijama, a ženski u federacijama. Svi slijede Benediktovo Pravilo i zadržavaju svoju samostalnost, ali imaju vlastite konstitucije ili deklaracije. Muški samostani su sa svojim kongregacijama u benediktinskoj konfederaciji, a ženski samostani sa svojim regijama imaju svoju Međunarodnu zajednicu benediktinki. Benediktinski samostani nemaju svoga vrhovnog poglavara, ali ih sve predstavlja opat primas koji je ujedno i opat međunarodnoga učilišta Sv. Anselma u Rimu. Benediktinci su monasi i u pravnom smislu nisu red, ali ipak mnogi koriste kraticu OSB (Ordo sancti Benedicti). Geslo je benediktinaca: „Neka se u svemu slavi Bog“ ( Ut in omnibus glorificetur Deus, skraćeno: U. I. O. G. D.). Kasnije se ovo izvorno geslo pojednostavilo u „Moli i radi“.
